Le prieuré de l'Oelenberg gérait la paroisse de Mortzwiller et Soppe-le-Haut.
En 1768, la décision est prise de construire l'église tout en conservant le clocher datant de 1469. La décoration intérieure est confiée au peintre Johann Pfünner, il réalise les tableaux de l'autel dont une huile sur toile représentant Sainte-Marguerite.
A l'occasion d'une restauration de l'église en 1888, ces tableaux sont remplacés par ceux du peintre suisse Henri Kayser.
Le tableau peint par Pfünner qui représente Sainte-Marguerite fut restauré et remis à sa place d'origine lors de la rénovation de l'intérieur de l'église en 2001.
L'orgue a été construit par Ignace Callinet de Rouffach en 1846. Il reprend le modèle de celui de Soppe-le-Bas.
L'édifice est inscrit à l'inventaire des monuments historiques.